Преференциальный режим и НДС

Доброго времени суток всем. Помогите мне с таким вопросом, пожалуйста. Наша компания импортирует товар из-за рубежа. Некоторый из них подпадает под преференциальный режим (сертификаты формы А), т.е. льготный режим, при котором часть уплаченных нами таможенных платежей нам возвращается. Таким образом после уплаты всех таможенных пошлин, НДС, оприходования товара, мы начинаем сбор необходимых документов, сдаем их в таможню, та проверяет сертификаты и выносит решение вернуть излишнеперечисленные средства на расчетный счет, а раньше зачитывали в счет будущих платежей. Бухгалтер при этом делал проводки:
Д41 К60 - переход права собственности на товар по дате штемпеля на ж/д накладной (склад - товары в пути);
Д41 К41 - поступление товаров на склад по дате выпуска товара таможней;
Д41 К76.5 - таможенная пошлина включена в стоимость товара;
Д44 К 76.5 - учтен таможенный сбор;
Д19 К76.5 - принят НДС по поступившим товарам, уплаченный авансом таможне;
Д68.2 К19 - НДС принят к возмещению из бюджета;
Далее, после вынесения таможней решения и перечисления излишнеперечисленных денежных средств на наш р/с:
Д51 К76.5 (общей суммой пошлина на субконто "Основной договор");
Д51 К76.5 (общей суммой НДС на субконто "Основной договор");
Д76.5 ("осн.дог.") К 76.5 ("п/п") - разнесены суммы по каждому платежному поручению, и пошлины и НДС;
Д76.5 ("п/п") К91.1 - прочий доход от возврата излишнеперечисленных таможенных пошлин;
Д76.5 ("п/п") К68.2 - восстановлены суммы излишнеперечисленного НДС;
И вот с последней проводкой у меня вопрос! Разве она верная? Ведь по сути раз мы раньше больше заплатили НДСа, взяли его к возмещению, то нынче, когда нам его вернули, нужно уменьшить наш НДС к уплате по К68.2, но какой проводкой?! Сделать документ с/ф в программе с минусовыми суммами и запись книги покупок с минусом. Т.е я не понимаю, почему бухгалтер восстанавливал эти суммы НДС. Вроде как для нас должно быть хорошо, что мы возвращаем излишнеперечисленные суммы, но тут же ставим этот же льготный НДС к уплате в бюджет. Где же выгода тогда?! Объясните, пожалуйста, как же все-таки правильно нужно поступать с возвратом излишнеперечисленного НДС? Спасибо всем заранее.